ترجمه طلایی صف بندی موازی برنامه نویسی DNA
| دسته بندی | مقالات ترجمه شده isi |
| بازدید ها | 52 |
| فرمت فایل | doc |
| حجم فایل | 1796 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 13 |
صف بندی موازی برنامه نویسی DNA
چکیده-در این مقاله ما یک الگوریتم موازی جدید پیشنهاد می کنیم که صف بندی بهینه رشته برنامه نویسی DNA مبتنی بر مدل DNA/protein که توسط Hein پیشنهاد شده است را بمنظور تعیین فاصله بین دو رشته برنامه نویسی DNA محاسبه کند. اثبات خواهیم کرد که این الگوریتم نسبت به الگوریتم ترتیبی، از نظر هزینه بهینه بوده و تطبیقی می باشد. الگوریتم موازی اجرا شده و نتایج آزمایشی، کارایی این الگوریتم را نشان خواهد داد.
کلیدواژگان: بیوانفورماتیک، الگوریتم های موازی، تنظیمات رشته.
Parallel alignment of coding DNA
S.H. Alavi-Soltani, H. Ahrabian1, A. Nowzari-Dalini
Center of Excellence in Biomathematics,
School of Mathematics, Statistics, and Computer Science,
University of Tehran, Tehran, Iran.
Email: {alavi,ahrabian,nowzari}@ut.ac.ir.
Abstract
We present a new parallel algorithm that computes an optimal alignment of the coding DNA sequences based on DNA/protein model proposed by Hein for the evaluating distance between two coding DNA sequence. The algorithm is proved to be adaptive and cost optimal with respect to the sequential algorithm. The parallel algorithm is implemented and experimental results show the efficiency of algorithm.
Keywords: Bioinformatics, Parallel algorithms, Sequence alignments.
1 Introduction
- مقدمه
برنامه نویسی دینامیکی روش انتخاب نواحی هم جهت شده رشته های DNA و پروتئینی می باشد. برای تعدادی از طرح های امتیازدهی صف بندی، این روش برای تولید یک صف بندی از دو رشته داده شده، با بیشترین احتمال امتیاز تضمین شده می باشد. امتیاز بندی با در نظر گرفتن فواصل بین دو رشته تغییر می یابد. مکانیزم امتیاز دهی برای دو رشته را می توان با سه مدل مختلف طراحی کرد:
مدل DNA، مدل پروتئین، مدل پروتئین/DNA. در این مقاله، با مدل پروتئین/DNA سر و کار خواهیم داشت. حال توضیح مختصری در مورد این سه مدل می دهیم.
یک روش سرراست، فاصله تکاملی بین دو رشته برنامه نویسی DNA این است که از برنامه نویسی پروتیئن چشم پوشی کرده و فاصله را با استفاده از چند مدل تکاملی DNA محاسبه کند. فاصله تکاملی بین دو رشته در یک مدل سطح DNA را می توان اغلب بصورت مساله صف بندی کلاسیک فرمول نویسی کرده و بصورت کارایی با برنامه نویسی دینامیکی محاسبه کرد [Jones و همکارانش2004؛ Needlman 1970و همکارانش؛ 1980Waterman].
معمولا توصیف فاصله تکاملی بر اساس یک صف بندی از پروتئین های رمزگذاری شده نسبت به یک صف بندی تنها بر اساس برنامه نویسی DNA بیشتر قابل اتکا می باشد [Pearson, 1996].
ترجمه طلایی تحقیق بر روی الگوریتم درخواست دادهی فضایی بهینه سازی شده در پایگاه دادهی فضایی
| دسته بندی | مقالات ترجمه شده isi |
| بازدید ها | 34 |
| فرمت فایل | doc |
| حجم فایل | 312 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 4 |
تحقیق بر روی الگوریتم درخواست دادهی فضایی بهینهسازی شده در پایگاه دادهی فضایی
چکیده
اشیاء فضایی در پایگاه دادههای فضایی ذخیره میشوند، که توسط دادهی فضایی و دادهی ویژگی بیان میشوند. دادهی فضایی اطلاعات در مورد محل و شکل دادهی فضایی و غیره را نشان میدهد. دادهی ویژگی نیز اطلاعات غیرفضایی در مورد نام و ویژگیهای خاص اشیا فضایی و غیره را ارائه میکند. بخاطر حجم بالای اطلاعات فضایی و پیچیدگی درخواست فضایی و اشیاء فضایی، بهینهسازی درخواست فضایی یک موضوع مهم در کاربرد پایگاه دادهی فضایی است. این مقاله بهینهسازی دادههای فضایی را به عنوان هدف مطالعه قرار میدهد و دو فرآیند کنترلی فیلترسازی و بهینهسازی را بهینه میکند، و بر روی انواع الگوریتمهای بهینهسازی کار میکند.
واژگان کلیدی
درخواست دادههای فضایی؛ اشیاء فضایی؛ پایگاه داده فضایی؛ الگوریتم درخواست؛ داده ویزگی.
Research on Optimized Spatial Data Query Algorithm in the Spatial Database
Abstract— Spatial objects are stored in the spatial database, which are expressed by spatial data and attribute data. Spatial data depicts the information about the location and shape of the spatial data, etc. Attribute data also expresses the non-spatial information about name and special attributes of the spatial object, etc. As the high volume of the spatial data and the complexity of spatial query and spatial objects, it is a hot topic of spatial database application to optimize the spatial query. This paper takes optimizing spatial data as study object, and optimizes the two handling processes of filtering and optimizing, and also study on all kinds of optimize algorithm.
Keywords— spatial data query; spatial objects; spatial database;
query algorithm; attribute data
I. INTRODUCTION
- 1. مقدمه
درمورد خود ویژگیهای فضایی، هزینههای عملیات هندسی از نظر زمان و فضا وسیع هستند. فرار یا کاهش عملیات هندسی برای بهینهسازی فرآیندهای درخواست یک پایگاه تسخیری است. بنابراین، این محتوای مهمی برای بهینهسازی درخواست فضایی است تا الگوریتمهای کنترلی، و بهبود بازده کنترلی درخواست را بهینهسازی کند. در مورد چند الگوریتم کنترلی بهینهسازی درخواست فضایی از کنترل درخواست فضایی واقعی بحث میکنیم.
ترجمه طلایی زمانبندی اسلک آگاه در آرایه های دانه درشتِ پیکربندی مجدد
| دسته بندی | مقالات ترجمه شده isi |
| بازدید ها | 61 |
| فرمت فایل | doc |
| حجم فایل | 558 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 9 |
زمانبندی اسلک آگاه در آرایه های دانه درشتِپیکربندی مجدد
چکیده
آرایههای دانه درشتِ پیکربندی مجدد (CGRA ها) معماری نویدبخشی هستند که انعطافپذیری و بازدهرا به همراه یکدیگر دارند. به دلیلِ اجرای موازی و توپولوژی پراکندهیاتصال داخلی در این معماریها، ابداع روششناسیِ کارآمد برای نگاشت اپلیکیشنها بر رویCGRA ها کاری دشوار است. در این مقاله، چارچوب زمانبندی را پیشنهاد میکنیم که قادر به نگاشت موثرِ عملیات بر رویمعماریهایCGRA است. این چارچوب تأخیرهای متفاوتِ عملیات گوناگون را کهیک معماری باپیکربندی مجددقادر است تا همیشه در زمان اجرا مشخص کند برای مسیریابی دادهها به صورت کارآمد در نظر میگیرد. این قابلیت را «اسلک آگاه» میخوانیم. شواهد تجربی مزایای زمانبندی اسلک آگاه را در آرایههای دانه درشتی پیکربندی مجدد نشان میدهد. زمانبندی اسلک آگاه در قیاس با پیشرفتهترین روشهای زمانبندی، اپلیکیشنهای پیچیدهتری را برای اندازۀ مش معین نگاشت میکند و به زمانبندیهای موثرتری دست مییابد.
Slack-aware Scheduling on Coarse Grained Reconfigurable Arrays
Abstract—Coarse Grained Reconfigurable Arrays (CGRAs) are a promising class of architectures conjugating flexibility and efficiency. Devising effective methodologies to map applications onto CGRAs is a challenging task, due to their parallel execution paradigm and sparse interconnection topology. In this paper we present a scheduling framework that is able to efficiently map operations on CGRA architectures. It leverages differences in delays of various operations, which a reconfigurable architecture always exhibits at run-time, to effectively route data. We call this ability “slack-awareness”. Experimental evidence showcases the benefit of slack-aware scheduling in a coarse-grained reconfigurable environment, as more complex applications can be mapped for a given mesh size and more efficient schedules can be achieved, compared to the state of the art methods.
I. INTRODUCTION
1. مقدمه
نگاشت اپلیکیشن بر رویCGRA ها کاری پیچیده است، و راهبردهای بسیاری برای این کار پیشنهاد شده است. با این حال، تمام مطالعات پیشین زمان را گسسته در نظر میگیرند، و فرض میکنند که هر عملیاتی که در کاشی CGRA انجام میشود سیکل ساعت کاملی میبرد. دستاورد تحقیقمان برای این حوزۀ تحقیقاتی آن است کهبجای استفاده از اسلک، اختلاف بین دورۀ زمانی ساعت و مسیر حیاتی اجرای عملیاترا برای محاسبۀ زنجیره و مسیریابی به صورت همزمان استفاده میکنیم.
تحقیقات پیشین استفاده از اسلک را در سنتز سطح بالا مطالعه کردهاند، که معمولاً در جایگذاری و مسیریابی FPGA استفاده میشود، اما زمانبندهایCGRA پیشرفته از کاربرد اسلک غفلت کردهاند.
ترجمه طلایی استفاده از تکنیک های داده کاوی برای تجزیه و تحلیل حوادث ترافیک
| دسته بندی | مقالات ترجمه شده isi |
| بازدید ها | 34 |
| فرمت فایل | doc |
| حجم فایل | 1125 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 14 |
استفاده از تکنیک های داده کاوی برای تجزیه و تحلیل حوادث ترافیک
چکیده- ابزار شبیه سازی و تجسم مبتنی بر کامپیوتر در ارزیابی الگوریتم های جدید برای تشخیص حادثه و استراتژی مدیریت حادثه کمک کرده اند. کاربردهای چنین ابزارهایی کاربران را قادر به ارزیابی راه حل هایی سریع تر از زمان واقعی می کنند. با این حال، به نظر می رسد که هنوز هم حوزه ای برای بررسی بهتر شرایطی همانند حوادث ترافیکی و مطالعه اثرات آن ها، به طور کامل با استفاده از روش های مانند داده کاوی وجود دارد. داشتن درک درستی از تاثیرات یک حادثه کمک می کند تا تحلیلگران استراتژی های مدیریت حادثه مناسب تری را طراحی کنند. اگرچه از داده کاوی به میزان چشمگیری در زمینه هایی مثل تجارت و علوم فضایی استفاده شده است کارهای کمی با استفاده از داده کاوی در ترافیک و تحقیقات مربوط به حمل و نقل انجام شده است. در این مقاله، چگونگی بررسی یک حادثه با استفاده از داده کاوی انجام شده و شرح داده می شود، و در نتیجه فرصت هایی که داده کاوی می تواند برای درک بهتر این وضعیت ارائه دهد نشان داده می شود. داده های مورد استفاده برای تحقیقات با استفاده از شبیه سازی در PARAMICS به دست آمده و ابزار به کار گرفته شده برای داده کاوی DataScope می باشد.
APPLYING DATA MINING TECHNIQUES FOR TRAFFIC INCIDENT ANALYSIS
Der-Horng Lee1, Shin-Ting Jeng1 and P. Chandrasekar1
ABSTRACTComputer-based simulation and visualization tools had helped to evaluate new algorithms for incident detection and strategies for incident management. Applications of such tools enable users to evaluate solutions faster than real-time. However, it seems that there is still scope to better investigate situations like traffic incidents and study their impacts, more thoroughly by employing techniques such as data mining. A better understanding of the impacts of an incident helps analysts to design more appropriate incident management strategies. Very little is known to date about the usefulness of applying data mining in traffic and transport related research, although data mining has contributed its usefulness significantly in fields like business and space science. In this paper, how an incident situation can be investigated using data mining is explored and described, thereby demonstrating the opportunities that data mining could offer in better understanding the situation. Data used for investigation is obtained from simulation using PARAMICS and the tool employed for data mining is DataScope.
INTRODUCTION
مقدمه
فرصت هایی که در حال حاضر بر اساس نرم افزار شبیه سازی مبتنی بر کامپیوتر برای تجزیه و تحلیل شرایط حادثه ارائه می شود هرگز بهتر از قبل نبوده اند. بسیاری از محققان برای ارزیابی الگوریتم های تشخیص حادثه و استراتژی های مدیریت حادثه از شبیه سازی استفاده کرده اند.
ترجمه طلایی مکان یابی بهینه گره در شبکه های مسیریابی فرصت طلب بی سیم
| دسته بندی | مقالات ترجمه شده isi |
| بازدید ها | 24 |
| فرمت فایل | doc |
| حجم فایل | 1556 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 33 |
مکان یابی بهینه گره در شبکه های مسیریابی فرصت طلب بی سیم
چکیده-در سال های اخیر، توجه روز افزونی به مسیریابی فرصت طلب به عنوان روشی برای افزایش ظرفیت شبکه های بی سیم با بکارگیری طبیعت انتشاری آن پرداخته شده است. برخلاف مسیریابی تک مسیره قدیمی، در مسیریابی فرصت طلب گره هایی که ارسال های همسایه را می توانند استراق سمع بکنند می توانند کاندیدهای فرستنده بسته به سمت مقصد شوند. در این مقاله به این سوال خواهیم پرداخت: حداکثر کارایی که می توان با استفاده از مسیریابی فرصت طلب به دست آورد چقدر است؟ برای پاسخ به این سوال، از یک مدل تحلیلی استفاده می کنیم که اجازه می دهد تا موقعیت بهینه گره ها را محاسبه کنیم، به طوری که حرکت به سمت مقصد به حداکثر برسد. از این مدل برای محاسبه کران های مینیمم استفاده می شود که می تواند تعداد ارسال ها در یک شبکه را با استفاده از مسیریابی فرصت طلب به دست آورد.
کلیدواژگان: شبکه های بی سیم، مسیریابی فرصت طلب، عملکرد ماکزیمم، مدل تحلیلی.
Optimum node placement in wireless opportunistic routing networks
a b s t r a c t
In recent years there has been a growing interest in opportunistic routing as a way to increase the capacity of wireless networks by exploiting its broadcast nature. In contrast to traditional uni-path routing, in opportunistic routing the nodes overhearing neighbor’s transmissions can become candidates to forward the packets towards the destination. In this paper we address the question: What is the maximum performance that can be obtained using opportunistic routing? To answer this question we use an analytical model that allows to compute the optimal position of the nodes, such that the progress towards the destination is maximized. We use this model to compute bounds to the minimum expected number of transmissions that can be achieved in a network using opportunistic routing.
Keywords:
Wireless networks
Opportunistic routing
Maximum performance
Analytical model 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.
1. Introduction
1. مقدمه
در نتیجه، تفاوت های قابل توجهی در احتمالات تحویل بسته می تواند در سراسر لینک یک شبکه MWN وجود داشته باشد. تفاوت دوم به ماهیت انتشار ارسال های بی سیم بر می گردد[3]. بر خلاف شبکه های سیمی، که در آن ها لینک ها به طور معمول نقطه به نقطه هستند، در شبکه بی سیم هنگامی که یک گره بسته ای ارسال می کند، همسایه های گره مقصد مورد نظر می توانند آن را استراق سمع کنند.